Na początku gry do Gordona przemawia G-Man, będący częścią wizji podobnej do halucynacji, wewnątrz której protagonista gry wyrwany jest z zawieszenia. Świat został uważny na wskroś rasę Obcych wobec nazwą Kombinat[15]. Gordon spotyka się ze strażnikiem Barneyem Calhounem oraz udaje się do laboratorium doktora Isaaca Kleinera, ścigany na wskroś ochronę cywilną. Doktor Freeman natyka się do wnętrza końcu na Alyx Vance, która prowadzi go do laboratorium doktora Kleinera. W laboratorium usiłowanie teleportacji Alyx do kompleksu Black Mesa East udaje się, ale wręcz wewnątrz przypadku Gordona kończy się płeć nadobna porażką, co więcej - o jego obecności w środku City 17 dowiadują się Obcy Kombinatu. Barney nakłania Gordona do udania się do laboratorium ojca Alyx, doktora Eli Vance'a na wskroś kanały miejskie[16].
Podczas podróży po kanałach Gordon ścigany jest wskroś piesze jednostki Kombinatu, do momentu gdy sprzymierzeńcy z jednej z jednostek buntowniczych wyposażają go wewnątrz poduszkowiec[17]. Ten zostaje mimo to żwawo dostrzeżony na wskroś przeciwników oraz zaatakowany wskroś śmigłowiec szturmowy. Z pomocą zamontowanego na wskroś sprzymierzeńców na pojeździe działa pochodzącego z helikoptera wrogich sił Gordonowi udaje się wyczerpać ścigającą go jednostkę powietrzną[18]. W końcu dociera do kompleksu Black Mesa East, spotykając w środku przedtem naukowców Eli Vance'a oraz Judith Mossman; stopniowy kiedyś natyka się też na Alyx. Ta ostatnia przekazuje mu narzędzie, które zwyczajowo używane jest do pracy z niebezpiecznymi materiałami - haubica grawitacyjne, które doktór Mossman określa jak "manipulator pola energii zeropunktowej". Alyx szkoli bohatera gry do wnętrza obsłudze nowej broni w ciągu zabawy z "Psem" – robotem-zabawką. Laboratorium doktora Vance'a zostaje chwilę z kolei zaatakowane na wskroś siły Kombinatu, natomiast dokłądniej zbombardowane na wskroś "canistery" z headcrabami (które docierja ponadto do Ravenholmu, do wnętrza zastraszających ilościach). Alyx plus pozostałej grupie udaje się zniknąć normalną drogą, zaś Gordon niestety został oscięty gruzami od czasu Alyx, co zmusza go do ucieczki (jedyną możliwą oraz najgorszą drogą) starymi tunelami wskroś miasteczko Ravenholm[19].
Bombardowanie przeprowadzone na wskroś Kombinat przemienia Ravenholm wewnątrz powierzchnia poznany na wskroś headcraby i zombie, zaś jedynym ocalałym człowiekiem jest wewnątrz miasteczku starszy Grigori. Kapłan pomaga Gordonowi do wnętrza przeprawie na wskroś Ravenholm również prowadzi do kopalni, posiadającej wiązanie ze stocznią City 17[20]. Freeman dociera do nadbrzeżnej bazy rebeliantów, gdzie otrzymuje na wskroś radiofonia wiadomość od chwili Alyx, która dziękowała Bogu, że Freemanowi udało się przerosnąć na wskroś Ravenholm. Okazuje się, że jej starszy został schwytany także w tej chwili przebywa wewnątrz kompleksie Nova Prospekt[21]. Gordon podąża do kompleksu zbyt pomocą buggy, po drodze pomagając grupie ludzi wobec dowództwem pułkownika Odessy Cubbage'a do wnętrza zestrzeleniu pojazdu szturmowego. Cubbage udostępnia do wnętrza tym celu bohaterowi gry granatnik przeciwpancerny. Drogę utrudniają Gordonowi podobnie mrówkolwy dodatkowo Strażnik Mrówkolwów. Po pokonaniu Strażnika pojawia się Vortigaunt, który wydobywa z ciała pokonanego przeciwnika narzędzie-przynętę o nazwie "feropod". Przedmiot ten pozwala graczowi sprawdzać mrówkolwy, chociaż nie ich Mistrzów[22].
W kompleksie Nova Prospekt Gordon szuka doktora Eli Vance'a[23]. Ponownie dołącza do niego Alyx. Obydwoje odnajdują doktora Vance'a również Judith Mossman, która okazuje się szpiegiem Kombinatu. Mossman odwraca uwagę bohaterów także teleportuje siebie także Eli do Cytadeli, w trakcie jak Gordon oraz Alyx przenoszą się do laboratorium doktora Kleinera. Przegrzany teleporter doprowadza do wielkiej eksplozji, tudzież Alyx oraz Gordon pojawiają się do wnętrza żądanym miejscu, tylko, ze o z okładem tydzień później[24]. Podczas tygodnia ich nieobecności wybuch zostaje przyjęta zbyt odcisk do rozpoczęcia powstania przeciwko Kombinatowi. Opór przybrał na sile do tego stopnia, ze City 17 przemieniło się do wnętrza regularną strefę walk. Gordon prowadzi buntowników na Cytadelę, tak aby wyzwolić doktora Vance'a, w toku jak Alyx pomaga wewnątrz ucieczce z laboratorium doktorowi Kleinerowi. Alyx dołącza na chwilę do Gordona, pomagając mu do wnętrza walce wewnątrz okolicach wyłączanego wskroś siły oporu generatora. Później jest natomiast pojmana wskroś siły Kombinatu[25]. Freeman dołącza do Barneya, po czym wyłącza "uciszacz" blokujący dostępu do Cytadeli, likwidując wobec tym pewną liczba striderów[26].
Gordon przenika do Cytadeli wskroś podziemne przejście. Wszystkie jego bronie, prócz tego działa grawitacyjnego, ulegają zniszczeniu w środku komorze konfiskacyjnej. Z powodu awarii komory działko grawitacyjne ulega wzmocnieniu[27]. Bohater gry wchodzi do urządzenia przypominającego kontener, które przenosi go na zlot twarzą do wnętrza twarz z doktorem Breenem, poniżej którym wydobyć jest dozwolone także lekarz Mossman. Breen przywołuje kontenery, do wnętrza których uwięzieni są konował Vance również Alyx. Podczas konfrontacji, Breen rzuca stwierdzenie, że usługi Freemana są dostępne "dla tego, jaki zapłaci najwięcej". Gdy grozi śmiercią dwójce pozostałych uwięzionych postaci, występuje przeciwko niemu łapiduch Mossman. Breenowi udaje się zniknąć do termojądrowego reaktora ciemnej energii na szczycie Cytadeli, skądże chce teleportować się jako nie później niż od momentu Ziemi. Gordon ściga go w sumie z Alyx również niszczy reaktor - zarówno iżby uniemożliwić Breenowi ucieczkę, jako też żeby zamknąć dopływ zasilanie Cytadeli. Wywołuje to wielką eksplozję, której ofiarami przypuszczalnie jeżyć się się zarówno Gordon, w charakterze dodatkowo Alyx[28]. Jednak wewnątrz momencie eksplozji reaktora, pora zatrzymuje osobisty bieg. Na scenie wydarzeń pojawia się G-Man, komentując udane obsługiwanie Gordona Freemana oraz od nowa przenosząc go w środku wcięcie "zawieszenia". Gra kończy się do wnętrza taki w pojedynkę sposób, do wnętrza który się zaczęła - w środku ciemności. Jej oddalony proces zawrzeć znajomość jest dozwolone w środku grze Half-Life 2: Episode One.